O modelo é baseado no quadro tipo diamond com suspensão dianteira invertida e traseira monocross com ajuste de pré-carga, mantendo a estrutura dos modelos anteriores.
Para 2025, a Yamaha introduziu novas cores para a R3: Midnight Black e R-White, enquanto a cor Racing Blue continua disponível. A cor Phanton Purple foi descontinuada.
O design aerodinâmico inclui um para-brisa eficiente e entradas de ar otimizadas, melhorando o desempenho em alta velocidade e o conforto em longas distâncias.